Makarska az i.e. II. évezredtől már lakott volt. Feltételezhető, hogy a krétaiak tengeri pihenőhelyeként szolgát útjaik során (Borostyán-út). Az illír időszak alatt a város egy íllír törzs lakhelye volt, az Ardaen törzsé.
A rómaiak i.sz. 228-ban legyőzték az illíreket és 200 évig ők voltak a város urai. A területet a veterán katonáik letelepítésére használták. A várost Mucurrum-ként említik az ősi római írásokban, mint például “Tabula Peutingeriana”. A későbbiekben a Bizánci Birodalomé lett a terület, a VII. században pedig a szlávok foglalták el. Ők itt alapították meg a Neretva-i Fejedelemséget, amelynek “Mokro” (a jelenlegi Makarska) lett a központja. A város lakói tengeri, folyami hajósok és kalózokként híresültek el. A Neretva-i Fejedelemség uralkodása idején épült fel a kikötő, Makar néven.

A település a XII. században a Horvát Királyság részévé vált, de 100 évvel később a Velencei Köztársaság győzelmet aratott fölöttük. 1499-ben a törökök elfoglalták a területet. A “Makarska” helynév írásos dokumentumokban 1502-ben szerepel, ekkor engedélyezték a Makarska-i szerzeteseknek, hogy templomukat megjavítsák.

1568-ban erődöt építettek a törökök, hogy védekezni tudjanak a Velence-i támadások ellen. A lakosok viszont a Velenceieket támogatták, mert meg akartak szabadulni a török uralom alól. 1646-ban sikerül a velenceieknek visszaszerezniük Makarszkát. A török fenyegetettség után 1684-ben ennek a szövetségnek vége szakad.
Az osztrák hadsereg megszállta Makarszkát a Velencei Birodalom bukása után, és Napóleon uralmáig itt is maradtak. 1806 március 8-ától a város a franciák uralma alatt állt 1813-ig. Ez alatt az időszak alatt Makarska kulturálisan és gazdaságilag is fejlődni kezdett.

Makarska Rijekával, Splittel és Trieszttel kereskedelmi kapcsolatokat épített ki. 1918-ban véget ért az Osztrák-Magyar uralom, a XX. század kezdetén a város gazdasága a kereskedelemre, a halászatra és a mezőgazdaságra alapult. A turizmus első jelei 1914-ben mutatkoztak meg, amikor felépült az első szálloda. Így vált Makarska az egyik leglátogatottabb nyaralóhelyévé az Adria-i térségnek.