Sibenik alapítása, ellentétben a legtöbb Adriai várossal, nem a történelem előtti illíreknek, az ókori görögöknek vagy a nemes rómaiaknak köszönhető, hanem szlávoknak. Bár az ásatások nyomán fény derült arra, hogy a város területén éltek emberek már a szlávok érkezése előtt is, de ez nem volt kiépített település. Az első írásos bizonyíték amely alátámasztja ezt az elméletet, az 1066-ban kelt Charta, Petar Krešimir király Chartája. A híres király székhelye Sibenik volt.
Joggal nevezték hát a várost “Krešimir városá”-nak azaz “Krešimirov grad”-nak. A város a XI.-XII. század során számos alkalommal került más államok és népek fennhatósága alá, mint például a Velencei Köztársaság, vagy a Magyar és a Bosnyák Királyság. Végül 1116 végleg Szent Márk oroszlánjának a védő szárnyai alá került a város. Sibenik saját egyházmegyei státuszt és városi jogokat csak 1298-ban kapott.

A nagy veszedelem a XV. században érkezett a törökök képében, akik hadban álltak a Velencei Köztársasággal, így annak gyarmatait is támadták. Ebbe Sibenik is beletartozott. Bár a várost többször is megostromolta a török, bevenni sosem tudta. A védelem megerősítése érdekében a XVI. században felépült a Szent Miklós erőd, egy évszázaddal később pedig a Szent János és a Šubićevac-erőd is. A Habsburg Birodalom fennhatósága alá egy politikai döntés értelmében került a város 1797-ben, mikor a Velencei Birodalom elbukott, területét pedig felosztották a győztes hatalmak.

Az Első Világháborút követően Sibeniket a Szerb-Horvát-Szlovén királysághoz csatolták, ez a helyzet csak a Második Világháborúban változott, mikor előbb a Benito Mussolini katonái foglalták el a náci németekkel karöltve. Bár korántsem önszántából, a város a Tengelyhatalmak “védelmét” élvezte. Ennek az eredményeképpen a Szövetségesek a háború folyamán ezt a várost is bombázták. Ekkor rongálódott meg a Szent Miklós templom és pusztult el a Mandalina városrész. A felszabadulás után, köszönetképpen a háborúban nyújtott segítségért, a várost és egész Horvátországot a Szövetségesek az egykori partizán Josip Broz Tito Jugoszláviájához csatolták. Ez a politikai helyzet egészen 1991-ig állt fenn, mikor is Horvátország kinyilvánította függetlenségét. Ezt a kinyilatkoztatást az utolsó Jugoszláv diktátor Milosevics nem nézte tétlenül, kirobbant a Horvát Függetlenségi Háború, amely majd’ négy évig tartott. Ebben a háborúban a város műemlékeinek újabb megrázkódtatást kellett elszenvedniük. A Szerb Nemzeti Hadsereg és más paramilitáris csapatok támadásai következtében, a Szent Jakab katedrális kupolája beszakadt és súlyosan megrongálódott az 187-ben épült színház is. A háborút követő (1995-től) időszakban az újonnan létrejött horvát állam helyreállította a háború okozta károkat.